Prodotti - NEXT GENERATION SEQUENCING

V-Seq HCV

Descrizione

Kit per la genotipizzazione e l’identificazione di mutazioni associate alla resistenza ai farmaci (RASs) del virus dell’Epatite C (HCV) mediante tecnologia NGS per sistemi Illumina. 

Caratteristiche rilevanti

  • Identifica i genotipi 1, 2, 3, 4, 5, 6 e tutti i relativi sottotipi di HCV, e rileva la presenza di mutazioni legate alla farmacoresistenza per i sottotipi 1a e 1b descritte nelle principali linee guida europee.
  • Il kit identifica genotipi e sottotipi valutando la variabilità delle regioni 5’UTR, CORE e NS5B e rileva i RAS per i genotipi 1a e 1b attraverso l'analisi delle regioni NS3, NS5A e NS5B.
 
  • La preparazione della libreria NGS, basata su un approccio amplicon-based, viene allestita mediante i kit accessori V-Seq Library Prep e V-Seq Library Purification.
  • Il flusso di lavoro è semplice e descritto nei seguenti passaggi: 

  • Il risultato consiste nella caratterizzazione del genotipo e sottotipo dei campioni analizzati e nella rilevazione delle mutazioni per i genotipi 1a e 1b di HCV.
  • Il software fornisce un report di analisi per ciascuna corsa NGS e per ciascun campione, consente un’analisi locale dei dati completamente automatizzata ed intuitiva e permette l'archiviazione dei dati in database locali.
 
Contenuto
 
  • Reagenti per l’amplificazione delle regioni target del genoma di HCV.
  • Kit accessori (V-Seq Library Prep e V-Seq Library Purification) per la generazione di librerie NGS. 
  • Software per l’analisi dei dati post sequenziamento NGS.
 

Per approfondire

Attualmente 71 milioni di persone in tutto il mondo sono affette da Epatite C (World Health Organization, 2017). L'agente eziologico dell'epatite C è l'Hepatitis C Virus (HCV), un virus a RNA, appartenente al genere Hepacivirus nella famiglia Flaviviridae (Chigbu, 2019).

HCV è presente in natura con 8 genotipi e 90 sottotipi (Borgia, 2018). Il genotipo più diffuso al mondo è il genotipo 1 (46% delle infezioni totali, di cui il 22% è rappresentato dal sottotipo 1b), seguito dal genotipo 3 (22%) e dai genotipi 2 e 4 (13% ciascuno). Anche la distribuzione geografica è variabile: il genotipo 1 è dominante nella zona Australia-Asia, Europa e America con incidenze che variano dal 53 al 71%, il genotipo 3 invece è presente nel 40% dei casi di infezione in Asia, mentre il genotipo 4 è molto comune in Nord Africa (71%) e nel Medio Oriente (Gower, 2014). La variabilità genetica tra i genotipi può variare fino al 30% e tra i sottotipi tra il 5% e il 20% (Simmonds; 2005). È stato dimostrato che ogni genotipo o sottotipo del genotipo 1 risponde in maniera diversa al trattamento farmacologico. Attualmente, le linee guida WHO (WHO, 2017) per il trattamento dell’HCV fanno riferimento a trattamenti diversi (sia nella combinazione di farmaci che per le tempistiche di trattamento) per i differenti genotipi e per il grado di progressione del danno causato dall’agente eziologico. Una volta verificata la carica virale del virus e il grado di progressione della malattia, diventa di fondamentale importanza identificarne il genotipo, in modo da individuare la cura più adatta a cui sottoporre il paziente riducendo al minimo il rischio di fallimento terapeutico. Inoltre, il virus HCV può essere presente in un singolo paziente con più sottotipi e/o genotipi. Si rende quindi necessaria la rilevazione di tutte le varianti di HCV che portano all’infezione.

Un altro punto fondamentale da considerare è l’alto tasso di mutazione che caratterizza la polimerasi HCV. Questa caratteristica porta alla possibile introduzione di mutazioni nel genoma del virus che inducono alla resistenza ai farmaci (RASs: Resistance-Associated Substitutions) o che riducono la suscettibilità del virus ad un farmaco o ad una classe di farmaci (Cento, Chevaliez, and Perno 2015). Le mutazioni legate alla farmacoresistenza si riscontrano nelle regioni del genoma virale che codificano le proteine bersaglio dei farmaci: NS3, NS5A e NS5B. È stato osservato che la regione virale più ricca in RASs è la regione che codifica la proteina NS5A: le mutazioni in questa zona diminuiscono anche di 100 volte l’efficacia del farmaco in vitro (Wyles, 2017).

È quindi essenziale caratterizzare il virus dell’HCV anche prima dell’inizio della terapia. Una tecnica che permette l’individuazione dei sottotipi HCV presenti in un campione è il metodo NGS. L’elevata sensibilità di questa tecnologia permette di rilevare le mutazioni critiche per il paziente e di sottoporlo al trattamento farmaceutico adatto.

V-Seq HCV
V-Seq HCV Files da scaricare:
» Brochure V-Seq HCV

Informazioni per gli ordini

Codice Descrizione Confezione
RUO-12-01 V-Seq HCV 24 Test
RUO-12-20 V-Seq Library Prep 96 Test
RUO-12-21 V-Seq Library Purification 96 Test